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Damit sich das gewünschte Gen in die Plasmid-DNA einfügen kann, müssen beide Abschnitte zusammengegeben werden. Da die sticky ends sich zufällig zusammenfügen, gibt es nun mehrere Möglichkeiten:
Es kann natürlich passieren, dass sich die Enden des Plasmids wieder zusammenfügen, sodass das Plasmid mit beiden Antibiotikaresistenzen unverändert bleibt.
Außerdem passen die beiden sticky ends, die das gewünschte Gen umgeben, ebenfalls zusammen, sodass sich das Gen selbst zu einem DNA-Ring schließen kann.
Die erwünschte Möglichkeit ist jedoch, dass das Gen sich in das Plasmid einfügt.
Damit die DNA neben den Wasserstoffbrückenbindungen noch an den äußeren Strängen gefestigt wird, gibt man schließlich Ligase hinzu.
