(auch: Restriktionsendonukleasen)
Restriktionsenzyme schneiden einen DNA-Doppelstrang in einer bestimmten Sequenz. Man unterscheidet dabei zwischen sticky und blunt ends:
Sticky Ends
Das Restriktionsenzym EcoRI erkennt die Sequenz GAATTC und schneidet diese dann versetzt, wie die Animation zeigt. Die Enden, die bei diesem versetzten Schnitt entstehen, lassen sich leicht wieder verbinden und werden daher als sticky ends (klebrige Enden) bezeichnet.
Blunt Ends
Andere Restriktionsenzyme wie zum Beispiel AluI schneiden nicht versetzt, sondern gerade. So erkennt AluRI die Sequenz AGCT und trennt die DNA zwischen Guanin und Cytosin. Die Enden, die bei dem Schnitt entstehen, werden blunt ends (stumpfe Enden) genannt.